В роли научного консультанта фильма выступил Эндрю Нолл, профессор естествознания Гарвардского университета, консультант НАСА и автор многочисленных трудов.Готовясь к работе непосредственно над фильмом, Терренс Малик читал работы известных учёных и беседовал с ними на протяжении 40 лет.Съёмки фильма начались в 2003 году, когда Пол Аткинс (известный кинодеятель, согласившийся поработать в этой картине оператором) сообщил Терренсу Малику об извержении вулканов на Гавайях. Съёмочная группа немедленно вылетела на острова. Один из операторов подобрался к раскалённой магме так близко, что у него расплавились ботинки.Работая над видеорядом, Терренс Малик и Дэн Гласс, руководитель группы спецэффектов, долго экспериментировали с высокоскоростной съёмкой различных жидкостей, красителей и газов. В экспериментах использовалось всё, от гелей и стекла до генераторов дыма и резервуаров для жидкостей. Вдохновение авторы фильма черпали, в частности, в работах Альберта Бирштадта (1830-1902), одного из наиболее известных американских пейзажистов, который умело использовал эффект света и тени.Перед занятыми в производстве фильма специалистами по визуальным эффектам стояла нелёгкая задача. Было необходимо: 1) показать период до образования Солнечной системы, какой мы её знаем, а затем ещё придумать и убедительно изобразить будущее, ожидающее нашу Вселенную согласно последним научным теориям; 2) изобразить протопланетный диск, который затем трансформировался в нашу Солнечную систему; 3) показать во всём их великолепии (и в движении) одноклеточные формы, которые со временем научатся размножаться и эволюционировать в более сложные организмы; 4) убедительно показать животных, которых более не существует.Вначале договорённость об участии в проекте была достигнута с Эммой Томпсон, но затем её сменила Кейт Бланшетт.Изначально фильм задумывался как концептуальный проект под названием Q. Первые шаги в производстве фильма были сделаны ещё в конце 1970-х, но в 1979 году Терренс Малик покинул проект. Вначале предполагалось снять историю любви. Действие должно было происходить на Ближнем Востоке в годы Первой мировой войны с небольшой вставкой о доисторических временах в качестве пролога. Со временем, однако, недавнее прошлое Малик убрал, а основной канвой фильма сделал именно пролог. Повествование стало более метафоричным. Речь шла о том, что бог, покоящийся в пучине вод, видит во сне зарождение и образование Вселенной.Работа над фильмом заняла у Терренса Малика в общей сложности свыше 30 лет.